Het Menasseh ben Israel Instituut is een onafhankelijk Nederlands instituut voor Joodse Studies, dat gedragen wordt door het Joods Historisch Museum en de Universiteit van Amsterdam.

De activiteiten van het Menasseh ben Israel Instituut omvatten het opzetten en uitvoeren van (inter)nationale onderzoeksprojecten, de organisatie van symposia en lezingen, de verzorging van wetenschappelijke publicaties, het bevorderen van het onderzoek naar in Nederland aanwezig joods erfgoed en het bevorderen van samenwerking van onderzoekers op het gebied van Joodse Studies in heel Nederland.